Si bien desde un inicio las zonas de Desarrollo Alternativo formaban parte del ámbito de intervención del PRA y ya se contaba con una cartera de negocios en la zona, a partir del 2003 se implementan oficinas del PRA en cada una de estas zonas (Aguaytía, Tocache y el Valle del Río Apurímac-Ene), con metas específicas en la generación de ventas y empleos. El PRA trabajó cinco años de manera coordinada con el Proyecto de Desarrollo Alternativo.

En la segunda fase, el Proyecto PRA no operará en zonas de Desarrollo Alternativo, a excepción del Valle del Río Apurimac y Ene (VRAE).